De Wijnhuistoren werd gebouwd in de 14e eeuw als huis Vreden waarna het verbouwd werd tot waag / stadsherberg beneden en hoofd- en burgerwacht boven. Het gebouw werd ook voorzien van een torentje. Het Wijnhuis werd in de 17e eeuw gemoderniseerd en tussen 1618 en 1642 voorzien van de huidige toren door stadsbouwmeester Emond Hellenraeth.

De toren was een symbool van de hernieuwde welvaart na de dramatische gevolgen van de vele belegeringen en de Spaanse bezettingsjaren tussen 1572 en 1591. De nieuwe toren werd vervolmaakt door de gebroeders Hemony, wereldberoemde klokkengieters, die in Zutphen het carillon uitvonden en van wie het eerste gestemde klokkenspel ter wereld in 1644 in de toren werd gehangen.

Onder in de toren bevond zich de stadswaag, waarvan de weegbalans nog altijd te zien is in de entree. In 1920 werd de toren door brand getroffen en de houten, achtkantige bekroning met het Hemony-carillon werd volledig verwoest. Even werd overwogen om in navolging van de eigentijdse torenbekroning van IJsselstein te kiezen voor een ontwerp in de stijl van de Amsterdamse School, maar men besloot toch tot reconstructie van het verbrandde exemplaar. Wel werd de torenromp aan de binnenzijde op eigentijdse wijze met beton verstevigd.

Ook het Wijnhuis kende rampspoed. Na een grondige vernieuwing in 1863, werd het in 1945 in brand geschoten door Canadese vlammenwerpers en brandde volledig uit. Daarbij ging een groot deel van de collectie van het stedelijk museum in vlammen op. In 1954 kon het herbouwde Wijnhuis worden heropend en in 2010 opende Restaurant-bar De Wijnhuistoren haar deuren, waarmee een nieuwe pagina in de geschiedenis werd geschreven.